学院已有近50年历史。学院的前身为中国人民解放军总高级步兵学校。1978年组建为中国人民解放军南京高级步兵学校，后更名为南京高级陆军学校。1986年， 学校易名为陆军指挥学院。1999年，学院更名为南京陆军指挥学院。自建院以来，党中央、中央军委十分重视学院的建设与发展。毛泽东主席在学院成立时亲自给学院题写训词，朱德、刘伯承等领导先后到学院视察。江泽民主席在学院建院40周年时为学院题词：“忠诚党的国防教育事业”。近年来，学院全面建设有了显著提高和发展，形成了以一年制进修性专业教育为主体、与短期轮训、本科、硕士、博士研究生教育，本科及专科函授教育、外军留学生教育相结合的多层次教育体制。

    学院师资力量雄厚。有一大批专业理论厚实、实践经验丰富，教学科研成果显著的专家教授，其中享受政府特殊津贴者与优秀中青年专家近30人。

    学院学术氛围浓厚。1992年以来，学院共完成了国家和军队重点课题30余项，出版专著近300本，编写全军通用教材百余本，发表学术文章3000多篇，先后有100多项教学科研成果获国家级、军队级和省部级奖。《伟大的军事家周恩来》一书，由江主席题写书名并作序，获国家“五个一工程奖”；“分布交互式作战指挥训练模拟系统”获国家科技进步二等奖、军队科技进步一等奖。我院1995年被确定为“九五”期间全军重点建设院校。

    教学设施先进。校区占地2400多亩，各类实验室总面积7000多平方米，校舍总面积20多万平方米。近年来逐步加大投入，教学实验设备和训练场地建设呈现了崭新的面貌。学院图书馆藏书50多万册，全馆实行计算机流通管理。具有先进的视听、缩微、激光照排和电子阅览等设备。1996年建成的校园网，目前已具有节点近3000个，有200多个节点可与长城网联接，学院干部人均一台微机。电化教学中心内设演播室、导控室、录音室、编辑室、卫星播控室、视听室，投影片制作室等，可以同时播出几十套国内外电视节目。此外，学院还建有学术厅、作战实验楼、田径场、阅兵场、室内球场、健身房、游泳池和野外训练场等，基本适应教学的需要。

    学院生活设施完善。小学、医院、菜市、浴池等近在咫尺，灯光球场、健身室、足球场及卡拉OK室等健身娱乐设施随时恭侯您的光临。